در حالی که کونگ با گذشت زمان، تبدیل به یک میمون قدرتمند می‌شود، لوکاس و پدر دانشمندش، تمام تلاش خود را برای محافظت از او به کار می‌گیرند. البته یک نفر دیگر می‌خواهد کونگ را از صحنه روزگار محو کند و......

هنگامی که خواهر زاده دوازده ساله آنیتا، یک مار آناکوندای غول‌پیکر را در نزدیکی خانه‌اش در کشور مکزیک پیدا می‌کند، ریچارد تصمیم می‌گیرد که آن را به یک هیولای بیونیکی تبدیل نماید و......

ریچارد یک کونگ هولوگرافیکی را بوجود می‌آورد تا کونگ واقعی را مسئول جرائمی جلوه دهد که دستیار رباتی خودش مرتکب آنها شده‌است. در این شرایط، قهرمانان داستان باید به این توطئه پی ببرند و......

در حالی که اعضای گروه برای نجات لایگرهای شبیه ‌سازی‌شده رهسپار آزمایشگاه ریچارد می‌شوند، جونزی راهی را برای نامرئی کردن کونگ پیدا می‌کند، اما پوشش مستتر کننده خیلی زود فرسوده می‌شود و......

ماشین ایمی از پل گلدن گیت سقوط می‌کند، اما قهرمانان ما معتقدند که این حادثه اتفاقی نبوده‌است. در ادامه، کونگ، لوکاس، جونزی، دنی و پنچی برای نجات ایمی وارد عمل می‌شوند و با وجود تمامی دام‌ها و موانع، خیلی زود به جزیره کونگ بازمی‌گردند و......

در ملاء عام، ریچارد نقش قهرمان را بازی می‌کند تا یک نقشه شیطانی جدید را به حرکت درآورد. دنی و پانچی با لباس مبدل از جزیره دیدن می کنند تا بفهمند او چه کار می کند....

کونگ و اعضای گروه، سخت تلاش می‌کنند که خود را از دیدرس ماموران پلیس پنهان نمایند و با جدیدترین مخلوق ریچارد که یک دایناسور درنده عجیب و غریب است، رودررو شوند و......

هنگامی که یک موشک لیزری توسط یکی از تروداکتیل‌های ریچارد رهگیری و منهدم می‌شود، او رهبران جهان را متقاعد می‌سازد که سیستم دفاع دایناسوری‌اش را خریداری کنند و......

ریچارد یک اشعه کوچک کننده را بوجود می‌آورد و با استفاده از آن، کونگ را به اندازه یک موش کوچک می‌کند. با این حال، کونگ ثابت می‌کند که علیرغم کوچک شدن جثه‌اش، همچنان می‌تواند یک قهرمان بزرگ باشد و......

بایونوبات‌های ساخته دست ریچارد، در تلاش برای یافتن طلا، یخ‌ها را با استفاده از لیز شکاف می‌دهند و موجب ذوب شدن کلاهک‌های یخی قطبی می‌شوند. در این شرایط، کونگ باید این روند مخرب را متوقف سازد و......

بوتیلا میز را به ریچارد برمی گرداند و عادت جدید آزاردهنده ای را برمی گزیند. لوکاس و دوستانش درخواستی غافلگیرکننده را در نظر می گیرند....

در حالی که ریچارد آماده می شود تا انبوهی از حشرات مسلح به قدرت های شوم را آزاد کند، تولد پانچی باعث می شود کنگ در مورد خانواده تولد خودش کنجکاو شود....

در حالی که جونزی و امی پادزهر را تحویل می دهند، لوکاس و بچه ها به دنبال کنگ می گردند. ریچارد تیم را در یک مسابقه نهایی در حاشیه یک آتشفشان فریب می دهد....