لاک پشت های نینجا در حال فرار و... تنها هستند. لئوناردو رهبری است که کسی برای رهبری ندارد. لئو اکنون باید در حالی که سعی دارد برادرانش را نجات دهد، بیشاپ و مکازوئیدهایش را متوقف کند....

مایکی برای نجات برادرانش به کمک راد، کارآموز بیشاپ نیاز دارد. اما راد در ازای آن چیزی می خواهد... تبدیل شدن به یک MUTANT! برای نجات روز، مایکی باید... مسئول شود....

هنگامی که او بین Mechazoids و باند خیابانی بدنام معروف به Purple Dragons گرفتار می شود، قدرت راف او را نجات نخواهد داد! راف باید از سرش استفاده کند تا از این یکی بیرون بیاید....

این یک نبرد عقلانی بین دانی و بیشاپ است که او در سیستم متروی نیویورک می‌دوزد تا جلوی مچازوئیدهای شرور او را بگیرد. اما چگونه می توان هوش مصنوعی را شکست داد که با هر حرکت شما مقابله می کند؟...

اصل زنی به نام BISHOP! چرا او از جهش یافته ها متنفر است؟ راز Mechazoids چیست؟ و دقیقاً چه اتفاقی افتاد در شبی که لاک پشت ها به دام بیشاپ افتادند؟...

لاک پشت ها مبارزه را نزد اسقف می برند اما او برای آنها آماده است... برای MECHA-BISHOP آماده شوید! اما وقتی Mechazoid ها از کنترل خارج می شوند، آیا لاک پشت ها می توانند بشریت را نجات دهند؟...

لاک پشت ها و حیوانات موتانیوم در طوفان قرن گرفتار شدند! اما زمانی که گروه جدیدی از SEA MUTANTS شهر را تهدید می کنند... Raph مجبور می شود از WORDS خود برای نجات روز استفاده کند....

مایکی و چنگیز قورباغه زمانی که با LEE THE EEL برق‌آور روبرو می‌شوند، در جریان عرضه به بازار محلی به داخل طوفان فرستاده می‌شوند! اکنون مایکی باید قدم برداشته و یک رهبر باشد!...

وقتی لیر سیل می زند، آوریل می رود تا اسپلینتر را نجات دهد... اما او از فاضلاب بیرون نمی رود! بدتر از آن، جهش یافته به نام GOLDFIN با یک هشدار همراه می شود... از سر راه او دوری کنید، وگرنه!...

دانی و وینگنات برای بازگرداندن قدرت به لانه می روند اما توسط رودخانه شرقی 3 به دام می افتند! آب در حال بالا رفتن است و آنها تنها نیستند ... یک هیولا آن پایین با آنها وجود دارد!...

اسب دریایی جهش یافته به نام MUSTANG SALLY قرار است شهر را سیل کند... و تنها چیزی که سر راه او ایستاده لئو و کبوتر پیت هستند. رهبر بودن تنها چیزی نیست که باید باشد....

East River 3 در آستانه پیروزی است! لاک پشت ها و Mutanimals باید با هم متحد شوند تا آنها را متوقف کنند، اما همه چیز آنطور که به نظر می رسد نیست... مروارید چیست و چرا گلدفین آن را می خواهد؟...