پس از اینکه خانواده‌اش توسط گروهی از مهاجمان نقابدار مورد حمله وحشیانه قرار گرفتند، جو لوگان توسط ماموران اف‌بی‌آی، مایک و اما، برای کمک به تحقیق در مورد قتل همسر و پسرش به سراغش می‌آیند....

هیگان می‌آموزد که تعدادی از قربانیان قتل اخیر همگی نینجاهای سابق بوده‌اند که پوشش‌هایشان منفجر شده است. هیگان به دنبال نینجا رئیس می رود و قسم می خورد که با درهم شکستن سازمان، انتقام همسر و پسر مرده اش را بگیرد....

یاماجی به سوالات یکی از ستوان هایش در مورد بقای لوگان می پردازد. در همین حال، مایک به نیروهای هیگان و اما پیوسته تا تحقیقات مستقل خود را در مورد AUZA آغاز کنند....

یک خیرخواه مرموز به هیگان هشدار می دهد که غیرممکن است بدون هیچ کمکی به شهر AUZA نفوذ کند. در همین حال، مایک و اما با جراحات سبک از تصادف دور می شوند و تحقیقات خود را در مورد AUZA و نینجاها آغاز می کنند....

مایک از اطلاعات اما برای ردیابی جیسون، کارمند سابق AUZA استفاده می کند. در جای دیگر، پس از توقف اولین تلاش خود برای نفوذ به شهر AUZA توسط زای، هیگان از یک مسیر جایگزین از خیر مرموز مطلع می شود....

آسکا هیگان را از عذاب حتمی نجات می دهد و هویت واقعی او فاش می شود. در همین حال، مایک متوجه می شود که او اکنون توسط آژانس خود، FBI تحت تعقیب است....

هنگامی که هیگان و لیل درگیر نبرد می شوند، هیگان با Gusoku Gear خود، معروف به "Kamui" به هماهنگی کامل می رسد. پس از آن، یاماجی در نهایت به زای دستور می دهد که هیگان را حذف کند....

مدیر عامل AUZA رویای به دست گرفتن کنترل کامل زیرساخت های انرژی کشور با استفاده از سازمان نینجا یاماجی را در سر می پروراند. اما هدف شخصی خود را برای جلوگیری از آنها با کمک هیگان تعیین می کند. در همین حال، جیسون و مایک هنوز در حال فرار هستند....

اما و جیسون تلاش های خود را برای انجام یک حمله هکری به AUZA ترکیب می کنند که منجر به دستیابی آنها به اطلاعات فوق سری می شود. در همین حال، مایک و هیگان با اسکادران مزدورانی که توسط AUZA فرستاده شده بود تا آنها را متوقف کنند دفع می کنند....

هیگان برای مرگ اما سوگواری می‌کند که نامه‌ای که او را به دوئل دعوت می‌کند از زای می‌رسد. مایک و جیسون می‌خواهند اطلاعاتی را که از AUZA هک کرده‌اند در اختیار عموم قرار دهند، اما متوجه می‌شوند که به دلیل رمزگذاری درایو حافظه خارجی اما نمی‌توانند....

هیگان در دوئل خود در برابر زی پیروز می شود، اما از کشتن او کوتاهی می کند. جوزف پس از قطع رابطه خود با یاماجی، مزدوران خود را برای حمله به مخفیگاه نینجاها می فرستد. در همین حال، مایک کلید رمزگشایی داده‌هایی را که اِما پشت سر گذاشته بود، کشف می‌کند....

دیلی به دستورات اصلی خود پایبند است و با انتخاب مبارزه با یاماجی از جوزف محافظت می کند. هیگان یک بازدید کننده غافلگیرکننده دارد که از او التماس می کند تا به تضادهای قبیله نینجا پایان دهد. در همین حال، مایک در دفاتر FBI دستگیر شده است....

هیگان و یاماجی در یک نبرد نهایی شرکت می کنند. در همین حال، مایک سعی می کند جوزف را در حالی که می خواهد از کشور فرار کند، ردیابی کند....